در این بقعه صندوق چوبی منبتی قرار دارد که با توجه به وضع ساخت آن و کتیبه ی روی صندوق ، مکرر مورد مرمت قرار گرفته است .
وجود چند قطعه چوب منبت کاری شده ی بسیار نفیس در داخل بقعه که از زیبایی و ظرافت خاصی بهره مند است ، موید این امر است که صندوق اولیه ی بقعه دست کم به حدود قرن ششم هجری مربوط می شده است . ولی بخش عمده ی صندوق کنونی ، مربوط به قرن دوازدهم هجری است .
تاریخ کتیبه ی مرمت صندوق مربوط به سال 1143 ه. ق. است که مصادف با پایان سلطه ی هفت عثمانی ها بر تبریز و باز پس گرفتن شهر توسط شاه طهماسب دوم است . کتیبه ی مزبور چنین است (( در تاریخ تعمیر صندوق حضرت امامزاده ابراهیم علیه السلام بعد از هفت عام تسخیر رومیه به فتح تسخیر تبریز سلطان شاه طهماسب ثانی حسینی الموسوی خلدالله ملکه – عمل نادر العصران استاد فتحعلی ولد ... )) .
بر بدنه های دیگر صندوق ، صلوات بر چهارده معصوم ( ع ) آیت الکرسی و نام بانی صندوق ، (( میر شمس الدین )) کنده شده است . نکته ی جالب در این بقعه سنگ روی مرقد و تاریخ آن به سال 38 ه . ق است امری که ناصحیح بودن آن از هر جهت مسلم است . از نظر منابع تاریخی محقق است که امامزاده ابراهیم – فرزند امام موسی کاظم (ع ) – در هیچ نقطه ای از ایران به خاک سپرده نشده است .